大ヒット映画『仮面ライダーアギト PROJECT G4』のディレクターズカット版。上映時間の都合でカットされた約20シーンの復活と新たな合成カットの収録によってディテール描写やドラマティックな面が強められている。アンノウンの脅威に自衛隊が新装備“G4システム”を投入。圧倒的な力でアンノウンを撃破する。それはかつて警視庁の対アンノウン部隊・G3ユニットリーダー小沢澄子により開発されながら、その危険性ゆえ封印されていたものだった…。