実業家の父が７年前に消息不明となり、ララ・クロフトはロンドンで自転車宅配便の仕事をしながら一人で暮らしていた。ある日、父の残した暗号を解いたララは秘密の書斎を発見し、「世界を破滅から救うため、日本近海の孤島に眠る女王ヒミコの秘宝にまつわる資料を焼却せよ」というメッセージを受け取る。だがララは父の遺志を継ぐべくヒミコの島を目指す。一方、世界征服を企む秘密組織トリニティも秘宝を狙っていた。