勇者ヒンメル、僧侶ハイター、戦士アイゼンと共に、10年に及ぶ冒険の末に魔王を打ち倒し、世界に平和をもたらした魔法使いフリーレン。千年以上生きるエルフである彼女は、ヒンメルたちと再会の約束をし、独り旅に出る。それから50年後、フリーレンはヒンメルのもとを訪ねるが、50年前と変わらぬ彼女に対し、ヒンメルは老い、人生は残りわずかだった。その後、死を迎えたヒンメルを目の当たりにし、これまで“人を知る”ことをしてこなかった自分を痛感し、それを悔いるフリーレンは、“人を知るため”の旅に出る。その旅路には、魔法を学ぶ少女フェルン、アイゼンの弟子である戦士シュタルクをはじめとする多くの人々との出会い、そして行く先々での触れ合い、さらに魔族や魔物との戦いなど、さまざまな出来事が待っていた―。