15年前、北大西洋・海上。貨物船・第一八代丸が、巨大な氷山に衝突し、沈没。船長と一人のクルーが犠牲に。時は流れ現代、西多摩市。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、車を運転中に心臓発作を起こし、事故死。さらに半月後……。太平洋を航海する豪華客船アフロディーテ号。コナン、蘭、小五郎たち一行は、その処女航海に参加していた。しかし船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する。それは、海上というどこにも逃げ場のない空間で繰り広げられる、恐ろしい陰謀の始まりであった。