東西冷戦下の１９５７年。ＫＧＢの女スパイ、スパルコ率いる部隊が、アメリカ国内の軍事基地を襲撃。彼らに捕らわれた考古学者インディ・ジョーンズは、神秘の秘宝“クリスタル・スカル”の捜索を強要されるが、辛うじて脱出に成功する。その前に現れた青年マットから、“クリスタル・スカル”の行方を追う旧友オクスリーの危機を知らされたインディは、南米ペルーへ。インディとＫＧＢの“クリスタル・スカル”争奪戦が始まる…。