一流スパイとして活躍したＩＭＦのエージェント、イーサン・ハントは引退し、教官として優秀なスパイたちの育成に務めていた。私生活でもフィアンセのジュリアとの結婚を控え、充実の日々を送っていた。そんなある日、イーサンの元にＩＭＦから新たなミッションが届く。教え子である女性エージェント、リンジーが悪の組織に拘束されてしまったというのだ。さっそく同僚たちと共にリンジー救出に向かうイーサンだったが…。